La estructura de la Carrera de Ingeniería Agronómica comprende tres ejes: Teórico, de Investigación y de Proyección Social, los cuales presentan una modalidad integradora de una forma progresiva en el desarrollo del Pensum, de manera que en los primeros años habrán cursos integradores relacionados a la realidad agropecuaria en donde se involucran conocimientos básicos y aspectos socio-económicos del sector agropecuario, hasta lograr la integración de los últimos años de la Carrera. El Pensum se ha dividido en tres áreas: un área básica donde conocerán los fundamentos físicos, químicos, matemáticos, biológicos y sociales. Un área Tecnológica en donde conocerán los factores productivos del campo agropecuario enfocado principalmente el uso, conservación y manejo de los recursos naturales y el área de Integración en donde se estudiarán los diferentes sistemas de producción agropecuaria en los cuales estarán involucrados los factores que intervienen en la productividad. En el desarrollo de las tres áreas van involucrados los ejes de Investigación, y Proyección Social de los cuales se desarrollarán en los diferentes ciclos del Pensum mediante la realización de actividades que tengan que ver con los problemas reales del sector agropecuario, así como del conocimiento del estado, uso, manejo y conservación de los recursos naturales.